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​​ « L'Île-aux-Oeufs
n'a jamais été désigné sous une autre dénomination par les cartographes et par les historiens des dix-septième et dix-huitième siècles.  Franquelin, en 1678, le Père Lauren, s.j. en 1731, Charlevoix, en 1744, font une mention spéciale
de l'Ïle-aux-Oeufs. »

« Aussi, les oiseaux de mer, palmipèdes et échassiers, y venaient en grand nombre et les oeufs s'y trouvaient en abondance. Voilà, sans aucun doute, ce qui explique le nom donné à l'île. »

 
Potvin, Damase,

Le Saint-Laurent et ses îles.

Une île d'oiseaux
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Depuis sa découverte, l'Île-aux-Oeufs porte son nom évocateur en raison de l'abondante présence d'oiseaux aquatiques nicheurs et, par conséquent, de la multitude de nids d'oeufs présents sur les rochers de l'île.  Il semble que l'Île-aux-Oeufs présente, depuis très longtemps, des conditions favorables à l'établissement et à la nidification d'oiseaux aquatiques (Ministère des communications,1984; Commission de toponymie du Québec, 2008)

L'Île-aux-Oeufs est reconnue comme un "site d'importance pour la nidification des oiseaux aquatiques" par le Service Canadien de la Faune (SCF) et aussi, à titre d'habitat faunique par le Ministère des Ressources naturelles et de la Faune (MRNF). Propriétée de la Garde côtière canadienne, l'île se compose d'un ensemble de rochers, servant principalement d'abri aux couples d'oiseaux de mers qui viennent y déposer et couver des oeufs en abondance chaque année. Selon l'inventaire réalisé par le Service Canadien de la Faune (SCF), plusieurs espèces d'oiseaux aquatiques utilisent l'île et ses récifs comme habitat et lieu de nidification.

Selon la Société Duvetnor, l'Eider à duvet est l'espèce la plus abondante avec environ 2 200 couples présents sur l'île en ce qui a trait à la nidification. Cela fait de l'île, la quatrième colo/nie d'importance d'Eider à duvet dans l'Estuaire du Saint-Laurent. Au sud de l'île, il y aurait au printemps près de 1 000 nids d'eiders, alors que la colonie d'eider située du côté nord de l'île serait d'environ 200 nids. Plusieurs autres espèces d'oiseaux aquatiques utilisent l'île, dont deux importantes colonies de Cormoran à aigrettes, lesquels nichent dans la portion forestière au nord-est de l'île. Ces derniers s'alimentent de poissons à proximité et ont un vif impact sur la végétation du milieu en raison de l'acidité de leurs déjections.

«Les alentours de l'Île-aux-Oeufs sont de bons endroits de pêche. Les habitants de la Pointe-aux-Anglais y prennent le hareng. Les gens de Cap-Chat, sur la côte sud (Gaspésie), viennent aussi y pêcher le hareng et la morue».
Damase Potvin, Le Saint-Laurent et ses îles.

Autour de l'île et les récifs environnants, on retrouve de grands échassiers, tels que le Grand héron et le Bihoreau à couronne noire qui se nourissent entre autres de petits poissons.  En outre, il y aurait deux espèces de goélands, le argenté et le marin, qui nicheraient aussi sur l'île.  En plus d'offrir des conditions adéquates à la nidification,  l'Île-aux-Oeufs constitue un site d'alimentation et de repos pour plusieurs espèces d'oiseaux brouteurs, telle la Bernache du Canada, qui font une halte à l'île.  

D'autre part, plusieurs canards plongeurs, tels que la Macreuse à front blanc, la Macreuse noire, le Garrot à oeil d'or, le Grand harle, le Harle huppé et le Fuligule à collier utilisent l'île et ses récifs pour s'y alimenter, tout comme le Canard noir, le Bihoreau gris et le Plongeon Huard.